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他达那非具有典型的 “水不溶、有机溶” 特性。在 25℃条件下，其在水中的溶解度极低，小于 0.1mg/mL；在 pH 1-2 的酸性水溶液（如盐酸溶液）中，溶解度略有提升，约为 0.5-1mg/mL；在有机溶剂中，易溶于二甲基亚砜（DMSO）、二氯甲烷，可溶于甲醇、乙醇，微溶于乙腈。此外，其油水分配系数（log P）约为 2.3，属于中等脂溶性物质。
溶解度特性对制剂设计影响显著：由于水溶解度低，直接将其制成普通片剂会导致药物溶出速率慢，进而使生物利用度偏低（约 25-60%）。因此，临床常用的制剂工艺如 “固体分散体”“环糊精包合技术” 或 “微粉化”，均是为了提高他达那非的溶解度。同时，中等脂溶性使其能够透过胃肠道黏膜被吸收，但吸收过程依赖胆汁辅助溶解，因此与高脂饮食同服时，药物吸收速率会加快，不过生物利用度无显著变化。
他达那非是手性化合物，药用级产品为单一光学异构体，即 (6R,12aR)- 构型，其比旋度范围为 - 45° 至 - 50°（测定条件：浓度 c=1，溶剂为甲醇，温度 25℃）。手性是他达那非发挥药效的关键，只有 (6R,12aR)- 构型具有药理活性，其对映异构体（(6S,12aS)- 构型）不仅无药效，还可能存在未知的安全风险。因此，比旋度是控制他达那非手性纯度的核心指标，若检测数值偏离上述范围，提示原料中可能存在对映异构体杂质，需进一步通过手性高效液相色谱（chiral-HPLC）技术精准检测杂质含量。